Ülke nüfüsünun yaklaşık %26'ını ve sanayinin %60'ını barındıran, tüm yüzölçümün ise sadece %9'luk bir bölümünü kaplayan Marmara Bölgesi'ndeki nüfus artışı ile buna bağlı olarak ortaya çıkan hızlı kentleşme ve sanayileşme sonucu, Marmara denizi, özellikle 60'lı yılların ikinci yarısından sonra belirginleşen bir kirlenme dönemine girmiştir. Marmara Denizi hacimce küçük ve açık denizlerden bir seri yatay ve dikey engeller ile yalıtılmış olduğundan, kısıtlanmış madde alışverişi sonucu kirlenme büyük bir hızla olmaktadır. Bu kısıtlama sonucu kirleticilerin büyük bir bölümü belirli tabakalarda kalmakta, yoğunluk ise göreceli olarak artmaktadır. 1980'li yıllardan bu yana Marmara'nın sahil bölgelerindeki hızlı yapılaşma, buna paralel olarak gelişen turizm ve artan nüfus olayının katkısı ile ilk aşamada Marmara Denizi'ne bağlı Haliç ve Körfezlerden, daha sonra da kıyı şeridinden başlayarak kıta sahanlığına doğru hızla ilerleyen bir kirlenme ve bunun sonucu olarak da deniz ekonmisinde geniş çaplı doğal denge bozukluklarına yol açmıştır. Marmara Bölgesi, sanayileşme bakımından ülkenin en gelişmiş bölgesidir. Özellikle İzmit Körfezi ile İstanbul Metropolitan alanı ve yakın çevresinde çok çeşitli sanayi faaliyetleri yer almaktadır. Sanayileşmeden kaynaklanan çevre kirliliği ise, özellikle bir içdeniz niteliğinde olan Marmara Denizi'nde oldukça kritik boyutlara erişen deniz kirliliğine neden olmaktadır.
Başta kıyılarda olmak üzere çeşitli boyutlardaki dere, çay ve ırmaklara direkt deşarj yaparak gelişen sanayi tesislerinin atıkları kara kaynaklı deşarjlar olarak denize boşalarak kirliliğin daha da artmasına neden olmaktadır. Böylece büyük oranda evsel atıklar yanında, hızla gelişen sanayileşme ile ortaya çıkan endüstriyel atıklar, doğrudan veya dolayı yoldan Marmara Denizi'ne deşarj edilmektedir. Ayrıca giderek artan Deniz Trafiği sonucunda, deniz araçlarının balast ve sintine sularından kaynaklanan kirlenmenin yanısıra ham petrol taşıyan tankerlerden sızan petrol denizde çok geniş alanlara yayılarak önemli bir kirlilik yükü oluşturmaktadır. Bakanlığımızca ( T.C. ÇEVRE BAKANLIĞI ), ülkemizin çevre kirliliği açısından en önemli bölgelerinden biri olan Marmara Denizi'nin kirliliğinin önlenmesi amacıyla ilgili tüm kurum, kuruluş temsilcilerinin katılımı sağlanarak 4-5 Ekim 1993 tarihleri arasında bir koordinasyon toplantısı gerçekleştirilmiştir. Toplantıda evsel, edüstriyel ve deniz araçlarından kaynaklanan kirliliğin giderilmesi amacıyla birtakım kararlar alınmış ve bu kararlar bir deklarasyon halinde yayımlanmıştır. Bakanlığımız ve İller Bankası genel Müdürlüğü ortak çalışmaları sonucu, Marmara Denizi'ni olumsuz etkileyen evsel kirlilik kaynaklarına ilişkin yatırım bazında öncelik sıralaması yapılmıştır. Marmara Denizi ve Boğazlar'da deniz trafiğinden kaynaklanan deniz kirliliğinin önlenmesi amacıyla yaptırılan bir proje ile bölgedeki son durum detaylı bir şekilde ortaya konarak eksiklikler tesbit edilmiş ve bu eksikliklerin giderilme yollarının belirlenerek yatırım aşamasına geçilmesi gerekmektedir. Bu çerçevede Bakanlığımızca 1997 Yılı Yatırım Programına bir proje teklif edilmiş ve proje kabul edilmiştir.